L'ateneo è una realtà estremamente complessa con tre missioni: didattica, ricerca e la cosiddetta terza missione. Le finalità dette vengono attuate per mezzo dell'attività di docenti e personale tecnico-amministrativo, che ricoprono incarichi all'interno dell'Università di Pisa e assumono decisioni in organi collegiali.

• Organi centrali
  Sono organi che hanno competenza sull'intera Università di Pisa.
  • Rettore
  • Organi collegiali a maggioranza non studentesca
    • Senato accademico
    • Consiglio di Amministrazione
    • Comitato per lo Sport Universitario
  • Organi collegiali con solo studenti
    • Consiglio degli Studenti
    • Consiglio territoriale degli Studenti per il controllo della qualità (CTS, Organo di controllo DSU)
• Organi periferici
  Sono organi che hanno competenza solo su una particolare area dell'Università di Pisa.
  • Scuola interdipartimentale (nel nostro caso la Scuola di Ingegneria)
  • Dipartimenti (nel nostro caso il Dipartimento di Ingegneria dell'Informazione)
  • Consiglio del corso di studi (nel nostro caso il Consiglio dei corsi di studi in Ingegneria Informatica, con competenze sulla triennale, la magistrale in Computer Engineering e la magistrale AIDE).
• Organi di secondo livello
  Sono organi la cui esistenza è ignota alla maggioranza della comunità studentesca. Le rappresentanze studentesche non sono elette direttamente dagli studenti dei corsi di studi, ma nominate con delibere del Consiglio degli Studenti.